Khu học chánh Houston được thành lập vào thập niên 1920 sau khi Nghị viện tiểu bang Texas biểu quyết tách chính quyền khu tự quản và chính quyền đặc trách giáo dục thành hai phần riêng biệt. Khu học chánh Houston thay thế Khu học chánh Harrisburg.

Số học sinh trong các trường công lập tại Houston tăng từ 5.500 vào năm 1888 lên đến trên 8.850 năm 1927.[4]

Khu học chánh Houston sáp nhập một số khu vực của Khu học chánh White Oak năm 1937 và một số khu vực của Khu học chánh Addicks sau khi khu học chánh này bị giải tán.

Khu học chánh Houston đã hội nhập các chủng tộc theo cách thức hài hòa. Ban giáo dục của học khu gồm những người Mỹ Da trắng bảo thủ đã tiến hành từng giai đoạn một để hội nhập từng cấp lớp. Các vị lãnh đạo địa phương người Mỹ gốc châu Phi tin rằng nhịp độ hội nhập quá chậm chạp. William Lawson, một vị chức sắc trẻ đã kêu gọi các học sinh của Trường Trung học Wheatley tẩy chay. Năm ngày sau đó chỉ có khoảng 10% học sinh của trường này đến lớp. Năm 1970 một thẩm phán liên bang đã yêu cầu khu học chánh xúc tiến nhanh tốc độ hội nhập.[5] Một số người nói tiếng Tây Ban Nha cảm thấy rằng họ bị kỳ thị khi con em của họ bị đưa vào học chung với các học sinh chỉ toàn là người Mỹ gốc châu Phi trong kế hoạch bãi bỏ sự tách biệt chủng tộc tại trường học (tách biệt chủng tộc tại trường học là chính sách theo đó cả lớp học hay cả trường chỉ có duy nhất 1 chủng tộc) vì thế họ đã đưa con em của họ ra khỏi các trường học đó để phản đối,[6] cho đến khi có phán quyết vào năm 1973 làm thỏa mãn những yêu cầu của họ. Ban đầu, khu học chánh cưỡng bách việc bãi bỏ tách biệt chủng tộc đối với việc đi xe buýt, nhưng sau đó chuyển sang một chương trình tình nguyện.[5]

Năm 1994, sau khi trưởng khu học chánh là Frank Petruzielo rời khu học chánh này thì khu học chánh đã biểu quyết với tỉ lệ 6-1 để đưa Yvonne Gonzalez làm trưởng khu học chánh tạm quyền; các thành viên hội đồng quản trị đã coi đây là một động thái "biểu tượng" vì Gonzalez là người nói tiếng Tây Ban Nha đầu tiên được giữ chức trưởng học khu tạm quyền. Gonzalez phục vụ cho đến khi Rod Paige trở thành trưởng học khu.[7][8]

Các phong trào ly khai

Năm 1977, nhóm công dân tại phía tây Houston đã tìm cách thành lập Khu học chánh độc lập Westheimer từ một phần của Khu học chánh Houston. Tòa Thượng thẩm Hoa Kỳ bác bỏ đơn kháng cáo của họ sau khi việc thành lập khu học chánh này bị chính quyền từ chối.

Khu học chánh Houston trước đây phục vụ một phần thành phố Stafford nằm trong quận Harris (thành phố này có một phần nằm trong quận này) cho đến khi Khu học chánh Khu tự quản Stafford được thành lập năm 1982 để phục vụ toàn thành phố Stafford. Phần lớn thành phố Stafford từng nằm trong Khu học chánh Fort Bend và một phần nhỏ nằm trong Khu học chánh Houston.[9]

Tổ chức khu học chánh

Ngày 1 tháng 12 năm 1994, các thành viên hội đồng quản trị Khu học chánh độc lập Houston đã bỏ phiếu phân chia khu học chánh thành 12 khu vực địa lý mang số; trong số 11 khu vực địa lý, mỗi khu vực có từ một đến ba trường trung học. Khu vực địa lý thứ 12 là một địa khu phụ.[10]

Trước mùa hè năm 2005, Khu học chánh Houston có 13 khu hành chánh. Lúc đầu con số khu hành chánh được dự trù bị cắt thành ba khu nhưng sau đó Khu học chánh Houston quyết định cắt giảm con số xuống thành năm khu vào mùa thu năm 2005.

Số ghi danh theo học giảm xúc vào thập niên 2000

Con số học sinh ghi danh cho năm học 2006-2007 vào mùa thu năm là 203.163, ít hơn năm học trước đó khoảng 7.000 học sinh (210.202) hay giảm hơn 3%; con số học sinh ghi danh theo học trong năm học 2006-2007 giảm khoảng 2,5% so với năm học 2004-2005 (208.454). Từ con số học sinh ghi danh cho năm học 2006-2007 đã cho thấy khu vực Trung và Tây mất phần lớn số học sinh. Tổng cộng mất khoảng 4.400 học sinh.[11] Con số ghi danh được báo cáo cho năm học vào tháng 2 năm 2007 là 202.936.[12]

Doanh nghiệp Micro Systems

Năm 2007 FBI, Ủy ban Truyền thông Liên bang Hoa Kỳ, và Bộ Tư pháp Hoa Kỳ bắt đầu một cuộc điều tra về mối liên hệ thương mại giữa Doanh nghiệp Micro Systems và Khu học chánh Houston. Frankie Wong, cựu chủ tịch của Micro Systems, và hai nhà quản trị của Khu học chánh độc lập Dallas bị truy tố vì phạm tội.[13]

Các chương trình ăn sáng miễn phí

Trong thập niên 2000, Khu học chánh Houston đã lập ra chương trình có tên gọi "Breakfast in the Classroom" (có nghĩa là "Ăn sáng tại lớp học"). Chương trình này bị thay thế bằng một chương trình ăn sáng miễn phí tại các khu nhà ăn trong trường.[14] Tờ Houston Press xuất bản một câu chuyện về những điều bất thường tài chính có liên quan đến một chương trình; tiểu bang Texas thông báo là họ sẽ điều tra chương trình này. Ngày 2 tháng 4 năm 2005, Abelardo Saavedra thông báo rằng chương trình này bị đình chỉ.[15] Đến năm 2006 Khu học chánh Houston tái tục các chương trình ăn sáng miễn phí.[16]

Tháng 1 năm 2006, Khu học chánh Houston bắt đầu sử dụng hệ thống phần mền về dinh dưỡng trẻ em của công ty Cybersoft và đã thành công hoàn toàn trong việc sử dụng nó theo khung sườn thời gian như đã định và cũng xứng hợp với ngân sách. Hệ thống phần mền này đã giúp điều hành bộ phận phục vụ thực phẩm của khu học chánh với chất lượng tính toán cao, hạ thấp chi phí và gia tăng thu nhập.